メインメニュー⇒メンテナンス管理⇒オプション設定画面を開き、【勤務実績管理関連】タブを開きます。
【深夜残業を表示する】にチェックをつけて【登録】ボタンを押します。
出勤簿、勤務・給与明細書に深夜残業が表示されるようになります。

但し、オプション設定画面の【出勤簿、勤務・給与明細書に「深夜」を表示しない】にチェックがついている場合は、
このオプションは選択できなくなります。