メインメニュー⇒メンテナンス管理⇒オプション設定画面の【勤務実績管理関連】タブを開きます。
【時給の残業、早出、昼残分を請求H/給与Hに含めない】にチェックを付けて、【登録】ボタンを押します。

勤務実績入力で時給の場合、早出や昼残・残業を行っても請求H/給与Hには含まれないようになります。