メインメニュー⇒メンテナンス管理⇒オプション設定画面を開き、【勤務実績管理関連】タブを開きます。
【請求％がゼロの時に残業もゼロにする】にチェックを付けて【登録】ボタンを押します。

勤務実績入力で請求％がゼロの場合、残業もゼロになります。