メインメニュー⇒メンテナンス管理⇒オプション設定画面を開き、【勤務実績管理関連】タブを開きます。
【管制入力の交通費を課税で入力する】にチェックを付けて【登録】ボタンを押します。

メインメニュー⇒マスタ管理（給与）⇒支払項目マスタ画面を開くと、交通費の名目が【課税交通費】となり、
【所得税課税】にチェックがつきます。
これで交通費は課税対象となります。