配置先マスタの深夜単価が入力されている事が原因です。
深夜の勤務に割増単価が計算されているためです。
深夜割増単価を計算させたくない場合は、配置先マスタの深夜単価及び深夜残業単価をゼロで登録して下さい。
再度請求集計を行うと正常に計算されるようになります。