月額隊員の所得税区分が日額になっていませんか？
隊員マスタを確認して、日額になっている場合は、月額に変更し登録して下さい。

再度、給与入力画面を開き、【所得税・社会保険再計算】ボタンを押して、所得税額を再計算して下さい。
問題がなければ【給与更新】ボタンを押してデータを保存します。

それでも、金額がおかしい場合はビジコン・ジャパンまでお問い合わせください。