得意先マスタ画面にある【得意先の合計に消費税をかける】のチェックがはいっていませんか？

チェックがONになっていると、得意先別合計請求書で得意先の合計に対して消費税計算をするようになってしまいます。
配置先単位で消費税計算を行う場合は、チェックをOFFにして登録して下さい。