バックアップを取得しているのであれば、基本的には問題ありません。
ただし、過去のデータをさかのぼって一覧表を確認する場合、削除されたデータは閲覧できなくなります。
また、誤って過去のデータを集計されてしまった場合、数値がおかしくなる可能性がありますので、
データを削除することはあまりお勧めはできません。
お客様の責任の範囲で行って下さい。

http://support.jbca.co.jp/admin/faq/284/edit　【伝票の削除方法について】の記事を参考にして下さい。