【勤務マスタ】画面にて、【月極含める】のチェックが入っているのが原因でした。
チェックを外していただき再度請求集計を行ってください。
【月極含める】にチェックが入っている場合、月極金額に含まれてしまうため、スポット単価で請求できません。